Vesmírná loď USS Reliant je na průzkumné misi, při které hledá mrtvou planetu, na níž by bylo možné vyzkoušet nové převratné zařízení Genesis. Je to torpédo, které dokáže přetvořit neživou hmotu v obyvatelné světy. Pokud by bylo toto zařízení použito na planetě s životem, kompletně by jej vyhladilo a nahradilo životem novým. Důstojníci Reliantu, komandér Pavel Čechov a kapitán Clark Terrell, se transportují na povrch domnělé planety Ceti Alpha VI, pravděpodobného kandidáta pro test Genesis. Zde je zajme Khan Noonien Singh se svými stoupenci, geneticky vylepšený diktátor a tyran z konce 20. století, se kterým se kapitán Kirk setkal o více jak 15 let dříve. Kirk Khana a jeho lidi vyhostil na planetu Ceti Alpha V, kde si měli vytvořit vlastní kolonii. Khan zajatcům řekne, že nedlouho po jejich příchodu explodovala sousední skutečná planeta Ceti Alpha VI, což výrazně posunulo oběžnou dráhu Ceti Alpha V a zničilo tak její podnebí a celý ekosystém, takže se z ní stala nehostinná poušť. Na pomoc posádce letí USS Enterprise, která byla vyřazena z aktivní služby a dosud sloužila pro výcvik kadetů.
