Začátek roku 2285 je určen hvězdným datem 8210.3. Hvězdná loď USS Enterprise se po bitvě s geneticky modifikovaným člověkem, bývalým diktátorem Khanem Noonienem Singhem, vrací na Zemi. Khan se pokusil zničit Enterprise pomocí terraformačního zařízení nazvaného Genesis. Vítězství admirála Kirka nad Khanem a vytvoření planety Genesis byly draze vykoupeny. Spock je mrtev a McCoy očividně zešílel. Nečekaná návštěva Sareka, Spockova otce, poskytne překvapivé odhalení. Spockova duše se totiž přenesla do McCoye. Kirk chce svým přátelům pomoci, a proto odcizí loď USS Enterprise. Přitom ignoruje karanténu hvězdné flotily pro planetu Genesis. Také Klingoni, včele s komandérem Krugem, objeví tajemství zařízení Genesis, které lze využít jako mocnou zbraň. Osudný střet Kruga a Kirka se nezadržitelně blíží.
