1981
Dobrodruh a archeológ Indiana Jones (Harrison Ford) sa vracia z juhoamerického pralesa, kde našiel vzácnu zlatú indiánsku sošku, ale vyfúkol mu ju podlý konkurent, francúzsky archeológ Belloq (Paul Freeman). Po návrate sa objavia muži z vojenskej výzvednej služby a požiadajú ho, aby našiel Archu zmluvy, ktorú Belloq s nacistami hľadá v Egypte. Archa má Hitlerovi zabezpečiť neporaziteľnosť. Potrebujú však najprv získať hlavicu staroegyptskej barly, ktorá má ukázať miesto, kde majú kopať. Tú má Marion (Karen Allenová), opustená Indyho láska. Chvíľu po Indianovi sa objavia Nemci a Marion s Indym tak-tak uniknú. Vyberú sa do Egypta, Indy objaví Archu, ale Belloq s Nemcami ho prekvapia, Archu mu vezmú a uväznia ho v kobke plnej hadov. Indymu s Marion sa podarí uniknúť, Archu získať späť a doviezť ju až na loď. Prepadne ich však nemecká ponorka, a Archu mu ukradnú. Belloq sa ju chystá na opustenom ostrove otvoriť...
Píše sa rok 1936. Archeológ a dobrodruh Dr. Henry Jones (Harrison Ford), prezývaný Indiana Jones, sa vracia z ďalšieho neúspešného boja so svojím úhlavným nepriateľom, vzdelaným, ale úlisným francúzskym archeológom Dr. Rene Belloqom (Paul Freeman).
Po návrate na univerzitu Jonesa v kancelárii navštívia agenti americkej tajnej služby, ktorí zachytili nemeckú depešu, ale nechápu jej obsah. Indiana Jones ju však rozlúšti pochopí, že nacisti hľadajú v Egypte bájnu biblickú Archu zmluvy – schránku starých Židov s doskami s Desatorom. Arche sa prisudzujú nadprirodzené vlastnosti a mala by svojmu vlastníkovi zabezpečiť neporaziteľnosť.
Indiana zistí, že sa Nemcom podarilo objaviť bájne mesto Tanis, kde má byť Archa podľa legendy uložená. Jonesa poveria úlohou nájsť Archu skôr ako nacisti, ktorí ju chcú zneužiť k svetovláde, a dopraviť ju bezpečne do Spojených štátov. Na presnú lokalizáciu Archy im však chýba hlavica kamennej berly, ktorú mal Jonesov učiteľ, profesor Ravenwood
Jones sa vypraví za jeho dcérou Marion (Karen Allenová) do Nepálu, kde žena vedie lacnú krčmu a privyrába si pijanskými pretekmi. Urazí sa, keď zistí, že Indy prišiel iba preto, aby ju požiadal o hlavicu berly. Keď ich prepadne bezohľadný gestapák Toht s najatými nepálskymi zabijakmi, sľúbi mu Marion pomoc.
V Egypte sa Indy spojí so svojím priateľom Sallahom (John Rhys-Davies), ktorý ho informuje o tom, v akej fáze hľadania sú nacisti. Ba čo viac – vedie ich jeho odveký nepriateľ Belloq. Indy zistí, že Nemci majú zlé údaje a kopú na nesprávnom mieste. Nacisti sa pokúsia Indyho otráviť, ale on včas rozpozná nebezpečenstvo, nedokáže však zabrániť tomu, aby neuniesli Marion. Keď auto, ktoré ju odvážalo, exploduje, je presvedčený, že je mŕtva.
Aj keď je skľúčený žiaľom, pokračuje v pátraní, prenikne na nemecké vykopávky a s pomocou berly zistí, kde sa Archa nachádza. Podarí sa mu ju nájsť, v tom okamihu sa však objavia Nemci s Belloqom a zmocnia sa jej. Indiana s nasadením života zničí lietadlo, ktorým chceli nacisti Archu odviezť Hitlerovi, a zmocní sa auta, ktoré ju preváža do Káhiry. Naloží ju na loď a odváža do Ameriky, lenže karta sa čoskoro obráti a Archy sa opäť zmocnia Nemci. A nielen to, do ich zajatia sa dostane aj sám Indiana Jones, ktorý zistí, že Marion je živá a majú ju nacisti v moci.
Indy znovu zasiahne – vnikne na ponorku vezúcu Archu na opustený ostrov, kde sa ju chystá Belloq otvoriť...
***
Keď Belloq Archu otvorí, vyvalí sa z nej nadzemská sila, ktorá zloduchov zničí. Indy potom odovzdá Archu americkej tajnej službe. Vojaci navzdory dohode Archu neprenechajú múzeu univerzity, kde Indy učí, ale ukryjú ju v tajnom obrvoskom vládnom skladisku.
