1989
Indiana Jones (River Phoenix) v mladosti ako skaut, v roku 1912, narazil na lupičov pamiatok a pokúsil sa im vziať cenný španielsky kríž. Šerif mu ho však zabavil a dal ho podozrivému mužovi. Po rokoch sa s ním znovu stretol a tentoraz už kríž získal.
Rok 1938. V pracovni na univerzite navštívi Indiana Jonesa (Harrison Ford) bohatý Walter Donovan (Julian Glover), ktorý Indyho požiada, aby našiel muža, ktorý viedol výpravu, pátrajúcu po Svätom grále. Dotyčný zmizol v Benátkach a nie je to nikto iný, ako Indyho otec, profesor Henry Jones (Sean connery).
Indiana s Dr. Marcusom Brodym (Denholm Elliott) okamžite vycestuje do Benátok, kde sa zoznámi s očarujúcou Dr. Elsou Schneiderovou (Alison Doodyová). Nájdu hrobku jedného z križiackych rytierov, ktorí údajne strážili Svätý grál. V hrobke a na štíte rytiera nájdu aj ďalšie indície, podľa ktorých je možné grál nájsť.
Indy sa dozvie, že jeho otca Henryho zadržiavajú nacisti na nejakom hrade v Rakúsku. Tí totiž tiež chcú získať Svätý grál, pretože podľa legendy sa ten, kto sa z neho napije, stane nesmrteľným. Odíde tam aj s Elsou, otca nájde, ale vyjde najavo, že Elsa pracovala pre Donovana, ktorý sa spojil pri hľadaní grálu s Nemcami. Jonesovcom sa po veľkých útrapách podarí uniknúť.
Musia však nájsť ukradnutý otcov denník, čo ich zavedie až do Berlína. Tam sa im ho podarí získať späť a za dramatických okolností opustia Nemecko na vzducholodi. Marcusa zatiaľ uniesli nacisti a mieria s ním do tajomného údolia, kde má byť grál ukrytý. Nemci podplatili sultána (Alexei Sayle) Hatajského kráľovstva, aby tam mohli voľne pátrať.
Majú mapu, ktorú vzali Marcusovi, ale netušia, že cestou ku grálu treba prekonať tri ťažké prekážky. Indymu s otcom sa podarí dostať do chrámu. Tam však narazia na Donovana s Elsou, ktorí síce tam dorazili skôr, ale nepodarilo sa im prejsť cez bránu stráženú tajomným Božím dychom.
Indyho s priateľmi zajmú a zradca Donovan postrelí Henryho, aby donútil Indianu ísť pre grál. Indymu sa s pomocou otcovho zápisníku podarí prejsť troma nebezpečnými skúškami a stretne sa so starým križiakom, ktorým už sedemsto rokov stráži tajomstvo grálu...
***
Indy vodou, ktorú do grálu nabral, zachráni otca, kým Donovan sa napije z nesprávneho grálu a namiesto večného života za niekoľko sekúnd zostarne a muž sa rozpadne na prach. Elsa chce grál odniesť z jeho úkrytu, ale prekročí magickú hranicu a zmizne v hlbinách zeme. Aj Indy po grále siaha, ale otec ho od toho odhovorí.
