Michelangelo (Noel Fisher), Donatello (Jeremy Howard), Leonardo (Pete Ploszek) a Raphael (Alan Ritchson) sú späť, aby sa postavili ešte väčším a podlejším zloduchom. Korytnačky sa tak znovu ocitajú po boku novinárky April O'Neilovej (Megan Fox) a na pomoc si berú rebela Caseyho Jonesa (Stephen Amell) v maske hokejistu. Po tom, čo zlosyn Trhač (Brian Tee) utečie z väzenia, spojí sa s šialeným vedcom Baxterom Stockmanom (Tyler Perry) a svojimi dvoma natvrdlými kumpánmi Bebopom (Gary Anthony Williams) a Rocksteadym (Stephen Farrelly) a spriada diabolský plán na ovládnutie sveta. Kým sa korytnačky pripravujú na Trhača a jeho novú bandu, musia sa postaviť tvárou v tvár hrozbe zo všetkých najväčšej: neslávne známemu Krangovi!